本作は、監督自身が一番描きたかったものを凝縮した作品であり、短編3作（第一話『桜花抄』、第二話『コスモナウト』、第三話『秒速5センチメートル』）で構成されており、全編を通し、あくまでも日常ドラマを中心としたラブストーリーで、多くのアニメーション作品に見られるようなSFやファンタジーなどの架空の要素は登場せず、そのかわり徹底したロケハンによる、日々誰もが感じている“現実“をアニメーション表現の中にすくい取ろうという試みがなされた作品。主題歌には山崎まさよしさんの大ヒット曲『One more time,One more chance』が起用。監督自身の選曲による映像とのコラボレーションは圧巻！

小学校の卒業と同時に離ればなれになった遠野貴樹と篠原明里。二人だけの間に存在していた特別な想いをよそに、時だけが過ぎていった。そんなある日、大雪の降るなか、ついに貴樹は明里に会いに行く…。貴樹と明里の再会の日を描いた「桜花抄」、その後の貴樹を別の人物の視点から描いた「コスモナウト」、そして彼らの魂の彷徨を切り取った表題作「秒速5センチメートル」。叙情的なビジュアルで綴られる三本の連作短編アニメーション作品。どれほどの速さで生きれば、きみにまた会えるのか…