シリーズ累計出荷本数600万本を超える大人気ゲームを原作とし、TVアニメ、コミック、ホビー、音楽などあらゆるジャンルで人気爆発中の妖怪ウォッチが、今度は映画館で大暴れ！運命の出会い―、そして、今はじめて明かされる、「妖怪ウォッチ」誕生の物語!!

ある日、寝ていたケータの腕から光を放ち突然消えた妖怪ウォッチ―。さくらニュータウンに現れた超巨大猫妖怪デカニャンから「このままでは…世界はヤツらのものにニャってしまうでふ。オラッチのともだちを助けてくれ…」と頼まれたケータは、手がかりを探しにおばあちゃんの家があるケマモト村に向かう。妖怪ウォッチが消えた謎、そのカギを握る妖怪フユニャンとの運命的な出会い―。そして、妖怪ウォッチを取り戻すため、ケータとウィスパー、ジバニャンとフユニャンはなんと60年前の過去の世界にタイムスリップ！そこで彼らを待ち受ける強大な敵とは!?果たして、妖怪ウォッチの行方は!?